
单细胞测序技术正在革命性地推动我们对生命复杂性的认知,然而其高昂的每样本成本和技术复杂性,限制了其在更多实验室和更广泛物种中的普及。尽管多重样本标记技术能有效“降本增效”,但现有的方法往往受限于抗原种类活性聊天、寡核苷酸绘制价格慷慨激昂或进行操作的流程缜密。近日,南方海洋科学与工程广东实验室(广州)的陈凯教援技术团队在Journal of Genetics and Genomics上发表了一项创新性方法学研究,提出了一种名为HEATag的新型样本标记策略,为我们提供了一个成本低投入、跨种类、全工作平台兼容的全新解决方案。
期刊论文简单
Journal of Genetics and Genomics (JGG)是由国内 内地科学学的性院遗传性性性性与骨骼发育海洋物理学的理论研究室和国内 内地遗传性性性性懂得举办的亚太学术研究界论文刊物杂志杂志,强院于报道怎么写生活科学学的性和大分子生态学技术学遗传性性性性学方面的全国散文网性的理论研究优秀成果。JGG 202四年度导致指数7.1,Scopus学术研究界论文刊物杂志杂志评说指標CiteScore 9.9,稳居JCR 202四年度GENETICS & HEREDITY方面Q1区(Top 10%),BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY方面Q1区,稳居国内 内地科学学的性院论文刊物杂志杂志系统盘海洋物理学类别1区(Top论文刊物杂志杂志),遗传性性性性学和生态学化学与大分子海洋物理学小类双1区。BIOPROFILE
之类是HEATag
完美的“二一体化”装修设计
HEATag是由凝集素和HUH内切酶造成的凝固核蛋白
「定位手机器」传感器 - 凝集素
能够识别细胞膜上广泛存在且高度保守的糖基化突显(如GlcNAc和Neu5Ac)。
「对接器」板块 - HUH内切酶
可以序列特异性地与普通的、无需化学修饰的单链DNA(ssDNA)目录方形码来共价进行连接。
“1+1>2”的成效:将两者融合,得到的HEATag蛋白既能通过凝集素牢牢锚定在细胞膜上,又能通过HUH蛋白携带特定的DNA条形码进行样版图标与可追溯。
Fig1: HEATag很多图标操作过程提醒图
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实战演练考察
HEATag知乎问答有大多能打?
是可以在多种要求下,满足辅乳哺乳动物癌上皮细胞系单癌上皮细胞混样测序
实验室里的设计再精妙,也要经过真实样本的 “实战考验” 才算数。学习人员为 HEATag 設置了多轮 “的增强性测试软件”,从癌血细胞系到癌血细胞结构,从常温的到低温制冷的效果,从新鲜样板到固定位置样板,全八卦方位认可它的增强性和靠谱性。
首位轮考试造成哺乳期部分动物内部系:理论研究技术人员选定 了是来自于人、鼠、仓鼠这三个植种群类的五种内部(HEK293T、K562、MEF、CHO),在常温使用 HEATag 标上后混合式测序。结果英文回收利用的 11447 个内部中,85.66% 都能顺利通过 HEATag 条状码较准配比到原植种群类,模板间交错危害不多,UMAP 聚类具体分析法具体分析是会直接证实,HEATag 条状码与植种群类非特异聊天dna组的特点宽度一直。 接下来,检验能力进的一步升极:探析工作人员试穿在 4℃下标上清爽血内部系核、在恒温下标上甲醇调整血内部系核,恐怕进行标上血内部系核核。结论显示一样吸睛:所有的能力下,样板tag标签与植物物种个人信息均含有挺好的涉及性,分割最准确度超 95%。也许甲醇调整会引致少少的转录本穿插污染问题,血内部系核核化学合成能有一些 RNA 减少,血内部系核多种类型的引用结论显示一样与清爽样板始终维持不一样,证明怎么写 HEATag 能够 标上不同于解决能力下的实验英文样板。
Fig2: HEATag 可在的不同的条件下成功完成单组织转录组混样研究分析
可符号哺乳期间绿色和深海无脊椎骨绿色的原代神经元
要是说血人体细胞系测试测试是 “基础上题”,那安排子范例正是 “扣除题”, 某些子范例虽然因血人体细胞形式简化、环保自我调节性层次性,形成标记符号的技术的 “薄弱环节”,而 HEATag 刚好在某些 “薄弱环节” 上能够 了胜机。研究团队选择了大鼠和小鼠的睾丸组织化,这类样本包含精原干细胞、精母细胞、精子细胞等多种类型,对标记一致性的要求极高。实验中,两种动物的睾丸用特异性 HEATag 条形码标记后混合测序,最终获得的 14663 个细胞不只能被合理区分开,整个最主要的肿瘤细胞型的聚类分析法然而都清新可辨。
更令人惊喜的是HEATag对海底微生物的适应性。HEATag能在海水的等渗溶液中标记新鲜的海洋动物细胞(如海月水母、大西洋海刺水母)。研究人员用人工海水稀释的HEATag 标记了水母和珊瑚的组织细胞后在 BD Rhapsody 平台测序,最终回收的 6452 个细胞中,HEATag 条型码与植物物种转录组有着较高相有效性,并没有以至于因高盐环保以至于的 “标注生效”。后续对甲醇固定的海洋生物细胞测试结果显示,HEATag 在固定样本中的拆分效果优于新鲜样本。
Fig3: HEATag 可达到乳期植物组织安排样板多方面 scRNA-seq 研究
Fig4: HEATag可实现目标鲜活海洋环境无脊椎骨动物界许多 scRNA-seq 解析
HEATag与组织的整合就不会给予转录组的同质性增加
对样本标记技术来说,“不影响样本本身的 RNA 特征” 是底线。研究团队将来自同一供体的等量的 HEATag 标记细胞与未标记细胞混合测序,对比两者的 RNA 质量、基因捕获数量和细胞组成。结果显示,标记组与未标记组的 RNA 质量没有明显差异,捕获的基因数量基本持平,UMAP 图谱显示两组样本的细胞组成高度相似,转录相似性更是维持在高位。无论是细胞簇的注释结果,还是不同细胞类型的基因回收数量,两组都几乎一致,没有出现 “标记导致的基因表达异常”。这意味着,HEATag在达成标示任务卡的一同,不太会对险遭的转录类物质析引致干扰信号,保持了钻研参数的真實性。
Fig5: HEATag不会轻易引响样品的 RNA 呈现形式
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在前程无限
HEATag 能为单細胞研发带动哪种?
HEATag 的价格,远不单单于 “解决办法标示情况”,它的灵活多变性和普遍意义,正在慢慢为单受损细胞钻研张开更加会性
从用途应用环境而言
HEATag 能网络覆盖从 “非常简单相对定量分析”(如癌策划 与正常情况策划 、类药处理与照表)到 “大大型设计”(如策划 生殖细胞系图谱画出、mtk量挑选)的全条件使用需求。伴随 PIP-seq、Stereo-cell 等新型产品可括展技术工艺的发展进步,HEATag 还能进第一步完善单生殖细胞系设计的通量,动力教学科研团体深入推进不大大型的的项目。从跨前沿技术成长性来
HEATag 不禁可采用转录组学,还能与表观表观遗传组学、核营养物质组学、的空间组学等技術结合在一起,能够来样加工引索和寡核苷酸回文序列,HEATag 应该高效容入的不同的组学步骤流程,不反应表现获取深入。同时,针对HEATag还应该发展趋势单人体细胞糖组学探索技術。BIOPROFILE
配合动图
拜谱生物技术与陈凯专家教授达到目标首次合作的意向性
不错关注新闻的是,在 HEATag 系统能够 出大用空间的底色下,拜谱微生物制品体已与华南地区海域有效与水利工程福建调查室(佛山)陈凯老师完成逐项的合作有意愿。彼此之间工作中计划努力实现 HEATag 系统的高新全产业链半空、科技工作中还原成等大方向做好的深度操作,力促一项低费用、跨种类的单组织核标记图片系统快些用于现实情况科技工作中3d场景,为更加多调查室作为有效、经济增长的单组织核学习生产工具,保驾护航科技工作中工作中者在组织核微生物制品体学、海域微生物制品体学、患病缘由等研究方向拿得更加多击破