在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

探究结论

1、从光敏塑造培养细胞核中去除DNA交连淀粉酶质

为拆分光热塑球高淀粉酶酶酶-DNA和好物中用LC-MS研究，创作者制作半个种性变纯化计划方案，可从DNA中去否则热塑球高淀粉酶酶酶，仅在阳光照射时使用随时表观遗传组接触到丰度DNA热塑球高淀粉酶酶酶。用TRIZOL提现脱色质并清掉落网获的非热塑球淀粉酶酶酶，但是将其重融解以实施RNase肠蠕动。使用超声波裁切所述球高淀粉酶酶酶热塑DNA的提现物，在硫氰酸胍中烧沸性变，并在二钝化硅离心法柱上心跳加快洗洁以去否则热塑球高淀粉酶酶酶难寻顺利完成。使用核酸酶净化处理从DNA中移除光热塑球淀粉酶酶酶，并实施胰球淀粉酶酶酶酶肠蠕动中用LC-MS研究。该措施称为球高淀粉酶酶酶热塑DNA提现或XDNAX。

图1.血清质化学交联DNA获取或XDNAX环节图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可直接性遇到DNA的核核苷酸图谱

将光热塑方案应用于MCF7内部，感觉了1,805种得票率球球蛋清，这之中1,191种出现于3个或更好次重新中。60%的DNA相互间影响组含有核酸切合的GO参考文献标注，在贫乏核酸切合参考文献标注的球球蛋清质含量中，最大化的分享来自于核纤层球球蛋清，接下来是进行刺绣质进行和内部分化的球球蛋清质含量（图2）。

图2 . 可之间排斥 DNA 的蛋白酶质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3工作总结了DNA完美功能组所潜在的蛋清质-DNA用户界面和包涵的核苷酸交连肽。这包含基于（1）球状DNA根据起来在一起结构类型域、（2）DNA 根据起来在一起混乱区（IDR）和（3）基于与其他蛋清质（举列组蛋清根据起来在一起蛋清）、RNA（举列剪接要素）或相剥离区室（举列核仁蛋清）完美功能而从而导致的周围环境比较接近于。

图3 . 可直接的沾染 DNA的架构域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、酶联免疫法癌细胞扰动的时候与DNA紧密联系的转录指数

雌生长生长激素药血清激酶α（ESR1）驻在胞质溶胶中，也许会遇到其配体，促发易位到人体组织膜核，在那它与表观遗传组中的某区域环境搭配以系统激活某的转录步骤。将血清饥饿的MCF7人体组织膜暴漏于高标准容量雌生长生长激素药（10 nM 17β-雌二醇）44秒钟，与模以净化处理的较人体组织膜较我们的DNA主动反应组（图4A）。之中，雌生长生长激素药影响后DNA主动反应组中的ESR1提升了30倍（图4B）。总的总得来说，在1,814个酶联免疫法的血清质-DNA主动反应中，约有9%彰显出达到2倍的偏态发展，并了解到与ESR1包括主动反应的血清如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 性激素类处置乳线癌神经元 DNA 双方能力组的一定量有点（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

总结

钻研方案到什么是dna组的营养物质酶质以学习它是如此被调用并付诸时间的，一直以来是科技创新拜谱生物个持久的要求。什么是dna组可及性主耍以DNA为机构的的视角做钻研方案，可是，到近几年直到，复染质抑菌凝胶中的什么样的营养物质酶质与DNA 突发物理化学彼此之间用处尚不很清楚。利用零离光交连，可表明DNA彼此之间用处组中的基本都数营养物质酶质，XDNAX技能将看作营养物质酶质-DNA彼此之间用处钻研方案的巨大软件工具。

拜谱总结

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的核蛋白质含量组学、掩盖组学、基础代谢组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

参照论文文献：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.