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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已现示出非常广泛的微生物特异性，收录抗癌肿和抵抗毒影响。基本上，三萜是完成甲羟戊酸路经生成的，并从非人工沉水植物和真菌感染中拆分。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上发过了发表文章“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的实验参考文献。该实验察觉到三萜类化学物质野生灵芝粉酸（GA）是经由气体提升的无柄野生灵芝粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的怪物学转换成导致的。实现转录组和淀粉酶质组学技術进那步科学探索无柄虫草菌丝体中DHT导致二者虫草酸（GA）的长效机制，并基于几组学技術检验到的对比分析基因遗传和对比分析淀粉酶，猜测DHT 怪物学自动合成 GA 的行业。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录类物质析和技能几大类

完成对无柄虫草真菌感染菌丝体参与转录组测序共实现67230个转录本和1429九个单染色体遗传遗传。在等等单染色体遗传遗传中，49俩被签定为不一致性体现方法染色体遗传遗传（DEGs），这这当中213个体现方法调整，279个体现方法降低（图1A）。GO聚集分享后，DEGs分类怪物的工作（BP）、受损血细胞含量（CC）和分子结构特征功能键（MF）3类。在BP行业类型中，造成了前这几个子行业类型：抗菌素被分解转换成产生的工作，乙酸盐产生的工作和甲酸盐产生的工作 ;而在CC行业类型中，受损血细胞外区、突触分手后复合体、突触结构特征是前这几个亚类。而言MF行业类型，甲酸脱氢酶（NAD）活力性、氧化的修复酶活力性和酸氨（或酰胺）链接酶活力性是前这几个亚行业类型（图1B）。在DEGs的KEGG径路分享中，前30条聚集度最底的径路有27条应归产生，这这当中二氧化氮产生、乙醛酸盐和二羧酸盐产生、丙酸盐产生信号灯径路更为明显聚集（图1D）。

图1|转录类物质析和实用功能几大类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

经由对无柄虫草真菌感染菌丝体做出血清质组学对其进行分享，总计有设定了16,457种特别肽、2606种血清质和2588种定量分享血清质。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的选择必备条件下，在这一2606种血清质中，94种被监定为差别的表明血清（DEPs），之中52种上涨，42种再降（图2A），图2C表明了差别的表明血清的聚类分享法对其进行分享热图。从GO对其进行分享一起来看，BP门类表明，一般数DEPs直接参与醋酸钠盐新陈被分解转换成的时候、消炎药化解新陈被分解转换成的时候和性药物化解新陈被分解转换成的时候。CC类DEPs在上皮上皮组织核外区、过空气铁的氧化的物酶体和微体中平均水平最好的人，空气氧化的保存酶几丁质酶和甲酸脱氢酶（NAD）几丁质酶在MF类中DEPs的的比例最好的人（图2B）。与转录组结果显示信息差不多，KEGG环路对其进行分享表明，越来越多DEPs在新陈被分解转换成中聚集，之中3条最聚集的行业是光合菌物中的碳特定、碳新陈被分解转换成和MAPK数值信息环路（图2D）。然而，经由对其进行分享GO数值库的CC对DEPs做出亚上皮上皮组织核定位系统对其进行分享和注音（图2E），DEPs重点分布图在上皮上皮组织核质（40.66%）、上皮上皮组织核膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），学说上是GAs菌物镶嵌的重点角度。

图2|营养素质组的一定量介绍和功能表查证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

过活物应用和對照组侯选DEGs和DEPs创作了维恩图，有20个不一致性描述染色体（图3A）。对转录组和营养物质质组中E组和C组通用的DEGs/DEPs采取聚类了解法了解，挖掘mRNA和营养物质质区间内有16个上浮染色体和6个再降染色体，DEGs和它的反译的DEPs描述总体水平呈正一些，特征提取Pearson的一些因子了解，在转录组和营养物质质组区间内检侧到取决于较高的一些性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检则最终成果表明，E组和C组115个DEGs的形容水平面距离同质性，至少9个为上涨DEGs，4个为下跌DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的形容上升趋势与转录多组分析最终成果一样的。

图3|球蛋白质含量组的定量了解了解和的功能检验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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